Antes de morir asesinado, Jacques Sauniére, el último gran maestre de una sociedad secreta denominada el Priorato del Sión, la cual se remonta a la época de la fundación de los templarios –orden militar compuesta por monjes-soldados y fundada en Jerusalén en el año 1119–, transmite a su nieta Sofía una misteriosa clave que debe descifrar con la ayuda de Robert Langdon, un profesor experto en simbología antigua. A partir de ese momento, acontece toda una serie de intrigas, acertijos clandestinos, vivencias históricas, mitos, códigos, ritos, misterios y suposiciones en una trama repleta de giros inesperados, narrada con un ritmo imparable.

El objetivo del autor es conducir al lector hasta el secreto mejor guardado por la Iglesia católica, el enigma del Santo Grial, el cual yace escondido en las pinceladas artísticas de las obras de Leonardo da Vinci.

Y el mensaje que transmite la novela es básicamente el siguiente:

• Jesús no es Dios: ningún cristiano pensaba que Jesús lo era hasta que el emperador Constantino lo exaltó al rango de Dios en el concilio de Nicea del 325.
• Jesús tuvo como compañera sexual a María Magdalena; sus hijos, portadores de su sangre, son el Santo Grial (sangre de rey = sang real = Santo Grial), fundadores de la dinastía Merovingia en Francia (y antepasados de la protagonista de la novela).
• Jesús y María Magdalena representaban la dualidad masculina-femenina (como Marte y Atenea, Isis y Osiris); los primeros seguidores de Jesús adoraban "el sagrado femenino"; esta adoración a lo femenino está oculta en las catedrales construidas por los Templarios, en la secreta Orden del Priorato de Sión -a la que pertenecía Leonardo Da Vinci- y en mil códigos culturales secretos más.
• La malvada Iglesia Católica inventada por Constantino en el 325 persiguió a los tolerantes y pacíficos adoradores de lo femenino, matando millones de brujas en la Edad Media y el Renacimiento, destruyendo todos los evangelios gnósticos que no les gustaban y dejando sólo los cuatro evangelios que les convenían bien retocados. En la novela el maquiavélico Opus Dei trata de impedir que los héroes saquen a la luz el secreto: que el Grial son los hijos de Jesús y la Magdalena y que el primer dios de los "cristianos" gnósticos era femenino.

Una de sus claves ha sido el hecho de que durante todo el libro se plantean enigmas resolubles, pero no demasiado sencillos para así incentivar al lector. Se trata de una trepidante carrera que les lleva de una pista a otra, descifrando mensajes ocultos en los más famosos cuadros del genial pintor y en las paredes de antiguas catedrales.