Malaquías dejó un manuscrito con los nombres en forma de lemas de los papas que habría desde el pontificado de Celestino II (1143-1144) hasta el fin del mundo. Estos lemas harían referencia a algún dato relevante de cada papa, como su lugar de nacimiento, su escudo de armas o cualquier otro símbolo relevante para el nuevo pontífice.

Las elucubraciones no faltan y teorías hay muchas. La leyenda dice que en un viaje que hizo San Malaquías a Roma en 1131 San Pedro le dio la lista de sus sucesores. Otra leyenda dice que en un viaje en barco fue una voz de ultratumba la que dictó al santo los lemas.

Algunos estudiosos del tema ponen en duda la autoría de San Malaquías ya que el manuscrito original, que supuestamente había estado en los archivos vaticanos, no se ha encontrado. A esto añaden que la primera publicación conocida data del siglo XVI. Por otro lado, San Bernardo, amigo y biógrafo del santo, no hace ninguna referencia en dicha biografía a los supuestos augurios.

En el siglo XVII, el Padre Menestrier, perteneciente a la orden jesuita, expuso que las profecías podrían haber sido un engaño para influenciar el nombramiento del Papa Gregorio XIV en 1590, ya que el lema que correspondería a este nombramiento es "antiquitate urbis" que hace referencia a la ciudad natal y a la sede episcopal de dicho papa, Orvieto (en latín Urbs vetus). Sin embargo otros historiadores han considerado que esta hipótesis no dispone de suficientes pruebas para ser demostrada.

Lo cierto es que los diversos lemas son muy significativos y fácilmente identificables en algunos casos, mientras que para otros muchos es necesaria una elaborada explicación que para algunos bien podría aplicarse de modo genérico a más de un pontificado. Alguna de las más significativas podría ser por ejemplo la del Papa valenciano Calixto III. El lema de Malaquías fue Bos paces, es decir, el buey que pace y en el escudo de armas de su familia aparece un buey en un prado. El lema del Papa Juan Pablo II fue De labore sol is, que significa los trabajos del sol y parece ser que en el día de su elección hubo un eclipse solar. Según Malaquías sólo quedarían dos lemas, Gloria olivae (la gloria del olivo) que pertecene a Benedicto XVI y Petrus Romanus (Pedro el Romano) que sería el último Papa.